Dan Jørgensen blev valgt til Europa-Parlamentet i 2004 som medlem af Socialdemokratiet og repræsenterede Danmark indtil 2013. Han var en del af Gruppen for Det Progressive Forbund af Socialdemokrater i Europa-Parlamentet (S&D). Under sin tid i Europa-Parlamentet var han næstformand for Udvalget om Miljø, Folkesundhed og Fødevaresikkerhed (ENVI) og suppleant i Udvalget om Økonomiske og Monetære Anliggender (ECON). Han var også medlem af parlamentets delegation for forbindelserne med Iran og suppleant i delegationen for forbindelserne med USA.
Som medlem af Europa-Parlamentet arbejdede Jørgensen intensivt med miljø- og sundhedspolitik og var en stærk fortaler for bæredygtig udvikling og grøn omstilling. Han blev genvalgt ved Europa-Parlamentsvalget i 2009 med 233.266 personlige stemmer, hvilket gjorde ham til en af de mest populære danske MEP’er.